登記事項に変更があった場合（法人名称の変更、事務所の所在地の変更、診療所の新規開設、附帯業務の追加等）や解散、合併、清算人の就任又はその変更及び清算の結了の場合には、登記を行い、登記届に変更後の登記事項証明書を添付して、知事あてで保健所に届け出なければなりません【施行令第５条の12】。
設立後の医療法人に登記事項の変更によって登記申請手続が必要なものには、主として次の登記が挙げられます。

（１）資産総額の変更登記
毎会計年度終了後２ヶ月以内に、財産目録に記載された資産の総額（正味資産の総額）の登記を行うことが求められます。

（２）役員重任（変更）登記
定款において定めた理事や理事長の任期満了に伴い、再任された場合には、役員の重任登記申請を行います。その他、理事長の死亡、辞任等により新たに選任された場合にも、役員変更の登記が必要になります（住所変更、改姓名を含む）。この場合は、主たる事務所の所在地においては２週間以内に、従たる事務所の所在地においては３週間以内に、変更登記の申請を行います。
（１）役員変更届
医療法人の役員を変更したときは、登記申請とともに、役員変更届により知事あてで保健所に届け出なければなりません【施行令第５条の13】。
なお、医療法人と取引関係にある営利企業の役職員は、その医療法人の役員になることができません。役員変更届を提出する場合の添付書類は次のとおりです。

�� 役員に就任する場合（新任）
イ）新役員の就任承諾書
ロ）履歴書
ハ）医師又は歯科医師免許証（理事長就任者の場合に限る）
二）理事長の原本証明
�� その他、辞任、死亡等にかかる変更についての添付書類は不要

（２）その他法人が備えるべき書類
医療法人は、次の書類を法人の主たる事務所（必要に応じ従たる事務所にも）に備えている必要があります。
�� 社員名簿（社団）
�� 入会（拠出・寄附）申込書綴（社団）
�� 役員名簿（社団・財団）　※財団の場合は、評議員名簿も必要
職名、氏名及び住所並びに医師であるときはその旨を記載する
�� 役員履歴書綴（社団・財団）
医師であるときは免許証の写し（理事長の原本照合必要）を添付する
�� 定款（財団の場合は寄附行為）
�� 議事録原本（社団・財団）
社員総会、理事会、評議員会ごとに別綴とし、官公庁へ提出する議事録は、この原本から正確に写しをとり、理事長の「原本と相違ない」旨を証明する（解散等特定の場合には原本を付することがある）。
�� 決算書類（社団・財団）
財産目録、貸借対照表、損益計算書、監事の監査報告書
�� 会計帳絆類（社団・財団）
（１）提出の義務付けと閲覧請求
第５次医療法改正により、医療法人には平成19年４月１日以降に開始する会計年度（平成20年３月決算）より、管轄の都道府県に対し、毎会計年度の事業報告書等（いわゆる決算届）の提出が義務付けられています。
この報告書は、定められた様式により提出することが求められており、具体的な書類として、��事業報告書��財産目録��貸借対照表��損益計算書が含まれます。
事業報告書等（決算届）を期日までに提出しない、あるいは虚偽の届出をした医療法人に対しては、20万以下の過料に処せられる場合があります（医療法第76条１の２号）。
さらに、医療法に基づいて提出された事業報告書等に対し、請求があった場合には何びとであっても閲覧することが可能であることとなっています。

（２）監事職務としての監査報告書作成・提出
医療法人における監事の職務が医療法の条文に明記され、監事を中心とした医療法人経営のチェック体制の構築が求められることとなり、その職務のひとつとして年度ごとに監査報告書を作成し、会計年度終了後３ヶ月以内に社員総会又は理事に提出することが義務付けられました。

◆医療法人の監事の職務
�� 医療法人の業務を監査すること
�� 医療法人の財産の状況を監査すること
�� 医療法人の業務又は財産の状況について、毎会計年度、監査報告書を作成し、会計年度終了後３ヶ月以内に社員総会又は理事に提出すること
�� 監査の結果、業務・財産に関し、不正や法令・定款等の違反という重大な事実がある場合には都道府県知事に報告すること
�� 社団医療法人の監事は、報告のため必要があれば社員総会を招集すること
�� 財団医療法人の監事は、報告のため必要があれば、理事長に評議員会の召集を請求すること
�� 医療法人業務・財産の状況について、理事に対して意見を述べること