就業規則に規程する内容は細かく規定されていますが、作成に関する定めはありません。極端にいえば、市販されているモデル就業規則を基に修正加筆しても、作り方は病医院の自由です。
構成の方法も自由ですが、下記のように採用から退職といったひとつの区分ごとにまとめ、順番に章立てをする作り方が、職員にも読まれやすく、理解もされやすいといえるでしょう。

【就業規則の構成と別規程例】
就業規則は、ひとつの規則で全体が把握できることが望ましいですが、何もかも規則に盛り込んでしまうと、条文やページ数が膨大になり、改訂などの際に混乱するおそれがあります。このような不便を避けるためには、就業規則本則と区別したい項目があれば、別規則や別規程とすることができます。例えば、正職員とは別にパートタイマーに適用される就業規則を作るとか、賃金や退職金については別に定めようとする場合です。
このような場合は、就業規則の本則で「ただし、パートタイマーには適用しない」という除外規定、「パートタイマーについては別に定める」という委任規定を設けることが必要となります。
ちなみに、「就業規則」とは本則、別規則、別規程のすべてをまとめたものを指しています。