簡易課税は基準年度の売上が５，０００万円以下でないと適用はできませんが、簡易課税が必ずしも有利であるとは限りません。
設備投資など、課税仕入額が増加する見込みの事業年度に関しては、簡易課税では、課税売上だけが計算の対象となるため考慮されませんが、原則課税の場合は、その仕入税額が税計算に反映されることにより納付税額が減少します。
決算時には簡易課税の場合と原則課税の場合を比較し、原則課税が有利と出たならば、簡易課税を取りやめることも検討すべきです。

消費税の税額の計算方法は、事業者が選択した場合、原則２年間の継続適用が求められています。また、売上の課税、不課税、非課税、免税の区分によって、仕入税額控除の額が変わってくるなど、手続き、計算面での注意が必要となってきます。
その注意ポイントをまとめると以下のようになります。

注意ポイント（手続き）
�� 簡易課税を選択した場合（原則課税を選択した場合も同じ）は、２年間は継続して適用しなければなりません。
�� 消費税の原則課税、簡易課税の選択をする届出は、受けようとする事業年度開始の日の前日までに行わなければなりません。
注意ポイント（計算）
�� 免税売上、非課税売上が多い場合には、仕入税額控除の計算において、課税売上割合に応じて仕入控除税額を計算するため、設備投資等による仕入税額を全額控除できない場合が生じるので、慎重にシミュレーションする必要があります。