社会医療法人には、前述のとおり公的要件として遊休財産額についての規定がありますが、実際の会計処理においては、特殊な処理として遊休財産から下記のイ）からヘ）に掲げる財産が除外されます。

（１）遊休財産
イ） 当該医療法人が開設する病院、診療所又は介護老人保健施設の業務の用に供する財産
ロ） 法第42条各号に規定する業務の用に供する財産
ハ） 法第42条の２第１項に規定する厚生労働大臣が定める収益業務（以下「収益業務」という。）の用に供する財産
ニ） イ）からハ）までに掲げる業務を行うために保有する財産（現に使用されていないが、イ）からハ）までに掲げる業務のために使用されることが見込まれる財産とし、業務の用に供するまでに発生する請負前渡金及び建設用材料部品の買入代金等を含む。）
ホ） イ）からハ）までに掲げる業務を行うための財産の取得又は改良に充てるために保有する資金（減価償却費に対応する資産の取得又は改良に充てるための資金に限るものとし、減価償却累計額を上限とする。）
ヘ） 将来の特定の事業（定款又は寄附行為に定められた事業に限る。）の実施のために特別に支出（引当金に係る支出及びホの資金を除く。）する費用に係る支出に充てるために保有する資金（以下「特定事業準備資金」という。）

（２）財産の取得又は改良に充てるための資金
イ） 当該資金は、減価償却費に対応する資産の取得又は改良に充てるための資金に限るものとし、減価償却累計額を上限とすること。
ロ） 当該資金は、貸借対照表において次の科目をもって掲記し、他の資金と明確に区分して経理されていること。
　　　　　資産の部　　減価償却引当特定預金（固定資産のその他の資産に掲記）
ハ） 当該資金の目的である支出に充てる場合を除くほか、取り崩すことができないものであること。ただし、正当な理由がないのに当該資金の目的である財産を取得せず、又は改良しない事実があった場合には、理事会及び社員総会又は評議員会の議決を経て、当該資金の額を取り崩さなければならないこと。

（３）特定事業準備資金
イ） 当該資金の目的である事業が、定款又は寄附行為において定められていること。
ロ） 当該資金の額が合理的に算定されていること。
ハ） 当該資金の目的である事業ごとに、貸借対照表において次の科目をもって掲記し、他の資金と明確に区分して経理されていること。
　　　・　資産の部　　○○事業特定預金（固定資産のその他の資産に掲記）
　　　・　純資産の部　○○事業積立金（利益剰余金のその他利益剰余金に掲記）
ニ） 当該資金の目的である支出に充てる場合を除くほか、取り崩すことができないものであること。ただし、正当な理由がないのに当該資金の目的である事業を行わない事実があった場合には、理事会及び社員総会又は評議員会の議決を経て、当該資金の額を取り崩さなければならないこと。
社会医療法人が収益業務を行う場合は、収益業務から生ずる所得に関する経理と収益業務以外の業務から生ずる所得に関する経理は、それぞれ区分して行わなければならないものとされています。
この場合の「所得に関する経理」とは、単に収益及び費用に関する経理だけではなく、資産、負債及び純資産に関する経理についても、同様にその区分経理が行わなければなりません。

（１）法人税の課税対象となる収益事業の規定
販売業、製造業その他の政令で定める事業で、継続して事業場を設けて営まれるものであり、政令にて具体的に３４種類の事業が「特掲事業」として限定列挙されております。

【34種類の特掲事業】
物品販売・不動産販売業・金銭貸付業・物品貸付業・不動産貸付業・製造業・通信業・運送業・倉庫業・請負業・印刷業・出版業・写真業・席貸業・旅館業・飲食店業・周旋業・代理業・仲立業・問屋業・鉱業及び土石採取業・浴場業・理容業・美容業・興行業・遊戯所業・遊覧所業・医療保健業・技芸教授業・駐車場業・信用保証業・無体財産権の提供業・労働派遣業

（２）医療保健業の取扱
法人税法上の特掲３４事業（収益事業）の内、社会医療法人が行う医療保健業に関しては、付帯業務として行うものを除き、収益事業から除外することができるようになり、法人税は課税まれないことになります。